2 Juli 2001 , kurang dari sebulan setelah dilantik , Lopa jatuh sakit saat menghadiri serah terima jabatan Dubes RI di Riyadh, sekaligus mau umroh.
Dia mual, muntah, lalu nggak sadarkan diri.
3 Juli 2001, pukul 18.14 waktu Arab Saudi, Baharuddin Lopa wafat.
Usia 66 tahun.
Dokter bilang serangan jantung akibat kelelahan kerja.