Brazilian Python Workshop for Biological Data
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A modelagem 3D de RNA é um processo que, apesar de ser bem pesquisado, requer a instalação de diversos pacotes e bibliotecas. Por isso, @MarcinMagnus criou o rna-tools.online, em #Python, uma plataforma web que facilita o uso pelo usuário. Leia: bit.ly/3R0psU0
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6 Jul 2023
The past few years have been tough for science in Brazil.
@CorreaSantosRA, @CrestanaGustavo, @VischiWinck and Jéssica Mendes summarize six problems and challenges confronting research and innovation in Brazil and how to address them. elifesciences.org/articles/9…
ALT “We need to act now if we want to ensure a prosperous future for science in Brazil.”
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17 Mar 2023
Estas pesquisas do Renato foram desenvolvidas no @CNPEM, na @fcfrp_usp e no @lge_unicamp, sob orientação do @diegoriano, @FungalSao e @carazzolle. Parte das pesquisas tiveram colaboração do @papinsysbio e do @RokasLab, nos EUA, e da @Ana_Alastruey, na Espanha.
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17 Mar 2023
Na nossa conversa sobre #TheLastOfUsHBO vimos que os fungos podem ser perigosos para nós, mas também têm papel positivo. Agora, com o @CorreaSantosRA vamos aprender sobre duas pesquisas que envolvem benefícios e perigos dos fungos. Vem no fio comigo 🧶
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29 Sep 2022
Para interessados, a apresentação está disponível no link: raw.githubusercontent.com/br…
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29 Sep 2022
Este ano novamente pude apresentar a palestra "Boas práticas de programação e reprodutibilidade de scripts Python" no V Workshop Python para Dados Biológicos @BrazilPythonWS . Muito feliz com o convite, @CorreaSantosRA !
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phenopype é um pipeline de análises implementado em #Python, utilizado para extrair dados fenotípicos de imagens. Foi desenvolvido por @mluerig e publicado na @MethodsEcolEvol. bit.ly/3K3BJER
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Hoje @vhfsantos colocou no ar a lista dos 40 selecionados para a 5ª edição do Workshop de Python para Dados Biológicos.
Confiram aqui:
wpdb2022.netlify.app/partici…
#Python #Biociências #Programação #Workshop #Educação
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24 Aug 2022
18 materiais gratuitos e em português para aprender Python:
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Opfi, um pacote feito em #Python para identificação de clusters gênicos, criado por Hill et al, pode ser utilizado para verificar genes que realizam funções específicas em clusters genéricos, permitindo conhecer novas funções gênicas. bit.ly/3RMl4ck
Obrigado @scaketti!
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O Community Simulator é um pacote em #Python criado por @MarslandBobby et al. para simular dinâmicas populacionais microbianas de forma reproduzível, transparente e escalável. Seu algoritmo chega ao estado de equilíbrio de populações.
bit.ly/3nZRKBC
Thanks, @leoreidela!
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Gsmodutils é uma ferramenta em #Python, desenvolvida por Gilbert et al. (2019), amplamente utilizada na biologia sintética e na microbiologia industrial para simulações metabólicas usando modelos em escala genômica (GEM). Veja mais em bit.ly/3NJkwB0
Thanks @ph_narciso!!
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#EVANGELIST é uma ferramenta em #Python elaborada em parceria com o @TU_Muenchen, que por meio do cálculo do conteúdo GC (%) avalia a #evolução dos cromossomos de #peixes e de outros vertebrados. Disponível em: bit.ly/3npxqcs
Thanks @RAISSA_MEL0 for sharing!!
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Now we have a Github organization! 🥳
The main purpose is to have a place where we will organize annual teams and repositories hosting websites, teaching materials, and research information (e.g., posters in scientific conferences).
Visit it here:
github.com/brazilpythonws
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MatteoPalù et al. (2022) desenvolveram o KEMET, uma ferramenta implementada em #Python com objetivo de avaliar módulos KEGG e expandir a anotação de genomas microbianos por buscas direcionadas com sequências ortólogas.
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@michelli_gf, obrigado por compartilhar o artigo!
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A utilização de #MachineLearning em #Python se tornou muito importante e muitos usam suas ferramentas para solucionar problemas. @miguelprocha et al. criaram o ProPythia, um pacote focado na manipulação e classificação de proteínas. bit.ly/3O3pbyI
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@scaketti obrigado pela sugestão de paper! :)
Pacote em #Python criado por @ghislainv, ForestAtRisk é capaz de processar arquivos RASTER de alta definição, para identificar áreas de risco de desmatamento nos trópicos.
Acesse: bit.ly/3toBxJd
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Escher é uma ferramenta para construir e visualizar vias biológicas, sendo ótima para contextualizar dados sobre o metabolismo de microorganismos, disponível para Web e em um pacote #Python que inclui vários recursos extras. Disponível em journals.plos.org/ploscompbi…
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