Joined May 2019
- Tweets 1,445
- Following 93
- Followers 6,770
- Likes 952
58 Photos and videos
May 27
本日新刊を出しました。コンパクトな本の中にバイオ系のデータ解析をする上でベースになる10年先も変わらないエッセンスを詰め込んでいます。タイトルの通り、これまでデータ解析に馴染みがなかった先生・学生さんを強く意識して執筆しています。科学研究の発展につながれば望外です
7
47
3,293
May 24
AIの発展などで、コンピューターを活用した生命科学研究を始めたいという方が増えています。そこで「生命科学データ解析をはじめる前に読む本」を執筆しました。コマンド、オプション、パスを通す、仮想環境などこれから10年は変わらない土台となるスキルを習得できます。yodosha.co.jp/jikkenigaku/bo…
1
6
27
5,827
Apr 29
Science Tokyo AIシステム医科学分野 (清水研) ではあと1ヶ月ほどで2027年4月の大学院を検討している方の面談期間が終わりになります。AI創薬・AIエージェント開発はもちろん、環状ペプチド・PROTAC・核酸創薬、ロングリードシークエンサー、ロボットによる実験自動化、あるいは医療への社会実装までいろいろやっています。興味のある方はぜひ一度見学にお越しください。shimizuhideyuki-lab.org/
1
23
5,474
Apr 16
Science Tokyo AIシステム医科学分野では大学院を検討している方を対象にした研究室説明webinarを4/24 (金) から行います。 生命科学・医学や創薬とデータサイエンスを学び研究を仕事にしたい方にとって最良の環境の1つです。shimizuhideyuki-lab.org/info…
2
5
1,403
Apr 14
Science Tokyo AIシステム医科学分野では大学院を検討している方を対象にした研究室説明webinarを4/24 (金) から行います。 生命科学・医学や創薬とデータサイエンスを学び研究を仕事にしたい方にとって最良の環境の1つです。shimizuhideyuki-lab.org/info…
1,159
Apr 13
胎児12臓器・81万超の単一細胞で、DNAの「文法（regulatory syntax）」を解読したというNature誌の報告です。SHARE-seqでchromatin accessibility gene expressionを同時測定。これとDeep learning（ChromBPNet）で配列からaccessibilityを予測し、motifの「文法」を体系的に明らかにしています。nature.com/articles/s41586-0…
29
159
17,967
Apr 12
Science Tokyo AIシステム医科学分野では大学院を検討している方を対象にした研究室説明webinarを4/24 (金) から行います。 生命科学・医学や創薬とデータサイエンスを学び研究を仕事にしたい方にとって最良の環境の1つです。shimizuhideyuki-lab.org/info…
1
6
1,339
Apr 12
複数のESM (ESM1b、ESM1v、ESM2 etc) をco-distillation手法で統合してvariant-effect prediction（VEP）でSOTAを達成したというNature Methods誌の手法です。それぞれのESMの良さを圧縮しています。doi.org/10.1038/s41592-026-0…
1
10
82
6,365
Mar 29
バイオや医療領域のデータサイエンスに関わる論文を輪読する学生さんのためだけのオンラインの勉強会Biomedical Data Science Clubというものをやっています。丸3年でのべ1000名を超える学生さんが参加しましたが、2026年度も随時募集しています。最初はお気軽にゲスト参加からどうぞ: shimizuhideyuki-lab.org/biom…
5
50
8,069
Mar 14
Biology, Medicine, そして情報科学の融合領域を学びデータサイエンスを身につけ研究を仕事にしたい方の大学院受け入れをしています。卒業時までに10本近い論文発表、20回近い学会発表を経験する人が大半。本気で研究者になりたいという方に最適な研究室の1つです。shimizuhideyuki-lab.org/educ…
1
5
1,863
Mar 13
Cancer Cellにがん病理のvision-languageモデル『KEEP』が発表されました。11,454疾患の知識グラフを使って画像とテキスト事前学習。希少がんも含む18の公開データで従来モデルを圧倒しています。sciencedirect.com/science/ar…
3
17
2,210
Mar 12
KRAS変異の影響は臓器によって違いますが、その仕組みをマウスがん細胞ラインアトラスを構築し調べたというNature誌の報告です。がんゲノムのメカニズム理解も進むでしょう。nature.com/articles/s41586-0…
4
28
2,707
Mar 11
Biomedical領域のデータサイエンスを身につけたい方の学振PD受け入れ希望の方を募集しています。これまでwetで、ドライを学びたい方大歓迎。すでに複数の方と面談していますが、PDでたくさんの論文を出して次にステップアップしましょう。shimizuhideyuki-lab.org/post…
10
1,843
Mar 10
AI ロボットの自走型ラボ「LUMI-lab」がCell誌に発表されました。希少データでも基礎モデル アクティブ学習で1700超の脂質ナノ粒子(LNP)を自動合成・スクリーニングし、マウス肺上皮細胞の遺伝子編集効率を向上させています。cell.com/cell/abstract/S0092…
1
13
1,737
Mar 9
生命の全ドメインをカバーするDNA基礎モデルEvo 2がNature誌に発表されました。9兆塩基対で訓練、変異予測やゲノムデザインをゼロショットで行っています。オープンソース公開。 nature.com/articles/s41586-0…
1
16
105
6,757
Mar 8
Biology, Medicine, そして情報科学の融合領域を学びデータサイエンスを身につけ研究を仕事にしたい方の大学院受け入れをしています。卒業時までに10本近い論文発表、20回近い学会発表を経験する人が大半。本気で研究者になりたいという方に最適な研究室の1つです。shimizuhideyuki-lab.org/educ…
8
1,732
Mar 8
実験医学増刊「AI・データ駆動型創薬研究」が出版されました。柚木先生・山西先生が編集し、私たちも中分子AI創薬とその実験実証について執筆させていただきました。業界標準が盛りだくさんの書籍です。yodosha.co.jp/yodobook/book/…
6
32
3,583
Mar 8
3/28 (土) に「バイオメディカルAI体験コース2026」というハイブリッドのハンズオン講習会を行います。プログラミング経験のない状態から、1日でバイオ・メディカルのデータを使いながら深層学習のさわりまで駆け抜けます。学生さんも社会人の方も無料です。shimizuhideyuki-lab.org/intr…
7
40
5,174
Mar 2
心電図・脈波など多様な心臓信号から170万人規模のデータで事前学習したCSFM（Cardiac Sensing Foundation Model）がNature Machine Intelligence誌に発表されました。 12誘導〜単誘導、臨床・自宅問わず使える汎用モデルです。nature.com/articles/s42256-0…
5
19
2,161
Mar 1
Biomedical領域のデータサイエンスを身につけたい方の学振PD受け入れ希望の方を募集しています。これまでwetで、ドライを学びたい方大歓迎。すでに複数の方と面談していますが、PDでたくさんの論文を出して次にステップアップしましょう。shimizuhideyuki-lab.org/post…
5
22
4,867