Filogenetik analizler için kullanılan birçok yazılımı (RAxML; RAxML-NG; MrBayes; BEAST; BEAST2; GARLI; MAFFT; EPA-ng; ExaBayes; DPPDIV; GPhoCS; FastTree, jModelTest2, ModelTest-NG, PAUP, ParallelStructure, PartitionFinder2 vb) kolaylıkla bulabilirsiniz.