元も子もない!となるかもしれませんが、「コンポジット(2D後処理)で色を大幅に変える前提で作業しない」が一番です。「そうはいってもプロジェクトの性質から後処理で変えまくらないといけない」という時は色を変える物体のレイヤー分けて書き出しが最適です。
それ以外の対処はごまかし的に色調整時にマスクをちょっと広げる、などですが、物体と物体が重なった時など、手間のかかる手作業修正が必要になります。
写実系CGの場合は激しく色を変えると影、映り込み、バウンスライトなどに影響するので3Dに戻って修正します。
モーションブラーがかかった3DCGをクリプトマットやオブジェクトバッファで調整しようとするとエッジのコンタミが発生するのは原理的に仕方無いと思うけど、どんな解決策が有効なんだろう?