#環境DNA 分析やゲノム解析に関する情報を発信しています🧬フォローやご質問はお気軽に🐟/ Tweets are my own, not views of my employer / #eDNA #はじ環 / bsky: bsky.app/profile/edna-startu…
Joined May 2020
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Jan 7
環境DNAのブログページを更新しました🎉
edna-blog.com
情報集約ページが探しにくかったので、アクセスしやすいようにまとめました。
メタバプライマー 🧬
edna-blog.com/metaba-primer/
論文・プライマー検索 📖
edna-blog.com/blog/ednapaper…
よかったら見てみてください 。
#環境DNA #はじ環
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はじめての環境DNA retweeted
Jun 5
Google releases Gemma 4 QAT. ✨
You can now run Gemma 4 at 3x less memory with near original performance.
Quantization-Aware Training (QAT) makes it possible to run Gemma 4 26B-A4B on 16GB RAM.
GGUFs: huggingface.co/collections/u…
QAT Guide: unsloth.ai/docs/models/gemma…
Jun 5
We just dropped Gemma 4 Quantization-Aware Training (QAT) checkpoints on Hugging Face!
All Gemma 4 model sizes and their drafters are now optimized with QAT to cut memory requirements and maximize on-device performance!
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はじめての環境DNA retweeted
May 30
For years you needed UMIs and similar dark molecular biology magic to get perfect amplicon sequences from @nanopore . With recent accuracy improvements really clever algorithms that is now changed. Savont unlocks ASVs from low coverage amplicons 🤯🤯🤯
biorxiv.org/content/10.64898…
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May 31
slurmで書いてある処理をある程度維持したままローカルでも同じように実行できるのがとてもいい。configで設定変えればサーバーでもローカルでも同じように実行できる。
また、並列実行の実装もしやすくて良い。
github.com/ymgaq/slotd
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はじめての環境DNA retweeted
May 29
Inferring genomic landscapes with the integrative sequentially Markov coalescent (iSMC). DOI: doi.org/10.32942/X2JT2M
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はじめての環境DNA retweeted
プレスリリース！
「全国的な環境DNA調査によりブラックバスの分布拡大過程を推定」
コクチバスの拡大が明らかに！
大規模or複数回の移植が関与か！
大阪大谷大の内井さん、脇村さんが先導された研究に参加。長野県、筑波大、水研、愛媛大、松山大、北大からも共同発表！
nies.go.jp/pr/news-and-updat…
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Jan 7
環境DNAのブログページを更新しました🎉
edna-blog.com
情報集約ページが探しにくかったので、アクセスしやすいようにまとめました。
メタバプライマー 🧬
edna-blog.com/metaba-primer/
論文・プライマー検索 📖
edna-blog.com/blog/ednapaper…
よかったら見てみてください 。
#環境DNA #はじ環
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May 9
環境DNA学会のマニュアル📖が更新されていたので「環境DNAに関するマニュアル・手引き」の項目を更新しました🎉
よかったら見てみてください 。
#はじ環
edna-blog.com/blog/paper-lis…
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May 3
スパコンのglibcが古くて普段使っているnvimがインストールが使えなかったので、nvimが要求するglibcをビルドしつつ、patchlfでnvim自体の内部設定を変更して使えるようにした記事を公開しました。
よかったら見てみてください📖
#はじ環境
zenn.dev/edna_startup/articl…
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May 2
大したことはないのですが、iqtreeでML系統樹作成時に不変サイトの除去を行うスクリプトを作成しました。
github.com/NaokiShibata/iqtr…
raxml_ascbias.py だとstacksのpopulations.snps.vcfを vcf2phylip.py でPHYLIP形式に変換したファイルで、不変サイトが残る状況が発生してました。
一応、raxml_ascbiasのリポジトリのデモデータで同じ結果が得られることは確認しました。
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May 2
nf-metro (pinin4fjords.github.io/nf-me…) だと、mermaid ファイルから MetroMapを作れるらしい。
コンテナ環境も提供してくれてるから、Singularityですぐ導入できるのもいい。drawioで作成するのちょっと面倒なんですよね。
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Apr 19
遺伝子アノテーションツールであるBRAKER4を実行してみた記事を作成しました。
snakemakeで再実装され、BUSCO/compleasmなどのQCツール自動実行や、その結果を踏まえてAugustusのgene modelを補正するといったアルゴリズムの更新もあります。
興味があったら見てみてください。
#はじ環
zenn.dev/edna_startup/articl…
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Apr 23
SlurmサーバーによるBRAKER4の実行例と、RTX5060Ti を搭載したPCでFANTASIAによるProtT5タンパク質言語モデル埋め込みによる機能的GOアノテーションの実行を追加しました。
興味があったら見てみてください。
#はじ環
zenn.dev/edna_startup/articl…
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Apr 19
環境DNAのブログページを更新しました🐟
MeRIP-seqによる魚類の環境RNA(m6A)の温度応答解析
edna-blog.com/blog/meripseq_…
よかったらみてみてください。
#環境RNA #eRNA #はじ環
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Apr 19
環境DNAビッグデータと深層学習で解き明かす沿岸魚類群集の変動と予測技術の創出 (KAKENHI-PROJECT-26H02342) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAK…
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Apr 19
サンゴ礁の静寂と変容の痕跡：水中音・環境DNAとの統合解析による攪乱影響の可視化 (KAKENHI-PROJECT-26K03095) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAK…
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Apr 19
環境DNA系統地理と全ゲノム系統地理データに基づく広域分布淡水魚４種群の保全 (KAKENHI-PROJECT-26K08866) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAK…
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Apr 19
環境DNAを用いたメタ群集・生物階層横断的アプローチによる河川魚類多様性の理解 (KAKENHI-PROJECT-26K15234) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAK…
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Apr 19
人里海域を環境DNAで”見える化”するビジュアル資料構築：相模湾産魚類をモデルに (KAKENHI-PROJECT-26K16176) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAK…
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