#مايكروبيولجي جينوميات الممرض وتسلسل الجينوم الكامل: التقدم نحو تشخيص وعلاج أدق 🧫🧬 حققت جينوميات المُمْرِض (Pathogenomics) تطوراً تطبيقياً هائلاً في السنوات الأخيرة. فقد اتخذ العلماء والأطباء تقنية تسلسل الجينوم الكامل (Whole Genome Sequencing - WGS) أداة محورية تربط البيانات الوراثية بالطب السريري وعلم الأوبئة. يوظف المختصون هذه التقنية اليوم في التشخيص الدقيق والتتبع الوبائي وفهم آليات المقاومة والضراوة، لينقلوها من مختبرات الأبحاث النظرية إلى صميم التطبيق العملي المباشر للرعاية الصحية. 🔹ماهية تقنية تسلسل الجينوم الكامل (WGS)؟ هذه التقنية هي عملية قراءة شاملة للقواعد النيتروجينية للحمض النووي للكائن الممرض بمستوى تغطية عالي الكفاءة. يعتمد علماء الميكروبيولوجي على برمجيات المعلوماتية الحيوية (Bioinformatics) لتحديد سلالات الميكروبات وأنماطها الجينية، وكشف الجينات المسؤولة عن إحداث المرض أو مقاومة الأدوية. يستهل خبراء المختبرات بروتوكول هذه التقنية باستخلاص الحمض النووي النقي من العينة، ليعقب ذلك خطوة تحضير المكتبة الجينية عبر تجزئة هذا الحمض وإضافة المكيفات (Adapters)، وهي عبارة عن قطع صغيرة اصطناعية من الحمض النووي تعمل كمقابض لربط العينة بأجهزة التسلسل لتمكينها من قراءتها، بالإضافة إلى المؤشرات الجزيئية. بعد ذلك، تعمل أجهزة الحاسوب المتقدمة على تحويل هذه الشفرة إلى بيانات رقمية، وتنفذ خوارزميات التجميع (Assembly) لإعادة بناء الجينوم، ليصل الطبيب في النهاية إلى تحديد نوع وسلالة الميكروب، والتنبؤ بخصائصه البيولوجية بدقة عالية. 🔹التطبيقات العملية في الرعاية الصحية: •التشخيص الدقيق والتحديد النوعي تتجاوز هذه التقنية الطرق التقليدية بتمكين الأطباء من تمييز السلالات والأنماط الجينية للممرض بدقة متناهية، مما يسرع رحلة التشخيص ويحد بشكل كبير من الأخطاء الطبية. • الكشف عن المقاومة الجينية للمضادات الحيوية ترسم هذه التقنية خريطة واضحة للجينات والعناصر المتنقلة المرتبطة بمقاومة الأدوية. يقدم هذا المستوى من التفصيل للأطباء تنبؤاً دقيقاً للمقاومة الظاهرية (Phenotype)، أي توقع كيف سيتصرف الميكروب فعلياً ضد الدواء داخل جسم المريض، مما يوجههم نحو اختيار المضاد الحيوي الأنسب لكل حالة. •التتبع الوبائي وتحليل التفشيات يستثمر خبراء مكافحة العدوى هذه البيانات في التحليل العرقي الجيني (Phylogenetic Analysis) ليقارنوا بين السلالات ويحددوا السلف المشترك لها. يدعم هذا الإجراء الفرق الطبية في تتبع مسارات الأوبئة داخل المستشفيات بدقة وتطبيق تدابير وقائية صارمة وفعالة. • تحليل عوامل الضراوة (Virulence Factors) يتمكن الباحثون عبر هذه التقنية من تحديد الجينات المسؤولة عن التصاق الميكروب بخلايا المريض، وإفرازه للسموم، واستخدامه للآليات المناعية المراوغة (Immune Evasion). يساعد هذا الفهم العميق الأطباء في تقييم الخطر السريري وتطوير علاجات تستهدف هذه الآليات بدقة. 🔹أمثلة حديثة من الواقع السريري: أثبتت الدراسات الجينومية دور هذه التقنية الحاسم في فهم البكتيريا شديدة الخطورة. ففي دراسة تناولت سلالات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيلين (MRSA)، نجح الباحثون عبر تقنية تسلسل الجينوم الكامل في تحديد العنصر الوراثي المتنقل (SCCmec) وجين المقاومة (mecA)، إلى جانب تحديد جينات الضراوة مثل hla وspa وicaA. كما وظف العلماء التقنية بنجاح في تحليل سلالات الكليبسيلا الرئوية (Klebsiella pneumoniae) المقاومة للأدوية المتعددة؛ حيث مكنت قراءات التسلسل الباحثين من رسم خريطة وراثية دقيقة للبلازميدات (Plasmids)، التي تمثل جزيئات دائرية صغيرة من الحمض النووي تنقل جينات المقاومة والضراوة بين البكتيريا المختلفة، مما وجه المستشفيات لبناء استراتيجيات مكافحة عدوى بفاعلية أكبر. 🔹التحديات والآفاق: يواجه القطاع الصحي تحديات عدة لتطبيق هذه التقنية بشكل روتيني، تشمل التكلفة المالية العالية، والحاجة الماسة لبنية تحتية رقمية قوية قادرة على معالجة البيانات الحيوية الضخمة، إضافة إلى ضرورة توظيف كوادر متخصصة في المعلوماتية الحيوية لتفسير النتائج المعقدة. متى ما تجاوزت المؤسسات الصحية هذه العقبات، ستصبح هذه التقنية معياراً يومياً أساسياً في جميع المختبرات السريرية. 🔹الخلاصة: تمثل تقنية تسلسل الجينوم الكامل ركيزة أساسية ينهض عليها الطب الميكروبي المعاصر، إذ يتم تحويل البيانات الجينية المعقدة إلى معلومات سريرية ووبائية واضحة، مما يسرع اتخاذ القرارات العلاجية، ويحسن من برامج مكافحة العدوى، ويحد بخطوات استباقية من التهديدات المتزايدة للميكروبات المقاومة للأدوية. * البوستر مصمم بالذكاء الاصطناعي

Day 2 started with an expert session by Dr. Bhupesh Taneja, Chief Scientist at @IGIBSocial on 'Pathogenomics and AI-enabled insights towards pathogen and AMR evolution'. @taneja_bhupesh @souvik_csir @CSIR_IND @ICMRDELHI

Faculty Achievement | Academic Outreach 🌱 Dr. Ananda Mustafiz, Associate Professor (SG), Faculty of Life Sciences & Biotechnology (FLSB), South Asian University, delivered an invited talk titled “Engineering the Methylglyoxal Pathway for Combating Stress and Promoting Sustainable Plant Health” at the National Symposium on “Integrating Pathogenomics and Eco-Friendly Approaches for Sustainable Plant Health”. The event was held on January 23, 2026, at ICAR-NIPB, New Delhi. Dr. Mustafiz highlighted cutting-edge strategies to enhance plant stress resilience through metabolic pathway engineering, reinforcing South Asian University’s commitment to sustainable, innovative, and impactful plant science research. #FacultyAchievement #AcademicOutreach #PlantScienceResearch #SustainableAgriculture #PlantHealth #ClimateResilientCrops #LifeSciences #SouthAsianUniversity

Deep learning-based multimodal pathogenomics integration for precision cancer prognosis | Journal of Translational Medicine | Springer Nature Link link.springer.com/article/10…

🎤 Participant's Voice: SusHi Tech Tokyo Vol. 9 “Experiencing cutting-edge technology first-hand and building meaningful cross-sector connections.” 🌱 🌍 Asia Pathogenomics Co., Ltd A company advancing DNA analysis technologies for infectious pathogens. 🧬 Using DNA extracted from hospital and patient samples, their platform supports pathogen identification and biomedical research through comprehensive genomic analysis. They also competed in the STT Pitch Contest and advanced to the semifinals. 💡 With a booth located near the main stage, they were able to showcase their latest technology and engage directly with attendees. ✨ 👇 Watch the interview video (about 1 minute) #STT2026 #Startup #Innovation

The Summer School in Plant Pathogenomics for a Sustainable Future of Food #2P4S2F, held at The University of Bologna has just come to an end. Big shoutout to the organizers, amazing job!! Lucky to have been a part of it !!

This is not the typical journal or manuscript domain I read (may be during my pathogenomics time), but this morning I start with this intriguing title thanks to RT by @Hragy I remember similarly related research presented by a @vt_gbcb alumni in a seminar. Colab w Samsung

International summer school "Plant Pathogenomics for Sustainable Future Food". Bologna, Italy, from June 23rd to 27th, 2025. You can find more information on the official website: 2p4s2f.com.

🦠🐄🧬 En el grupo Pathogenomics del @i2sysbio investigan qué hace que ciertas cepas de tuberculosis infecten más a humanos y animales 👉Entender esta compatibilidad ayuda a prevenir contagios entre especies y a controlar mejor la enfermedad ⬇️ i2sysbio.es/

New Research: Unraveling the pathogenomics of Rhizoctonia solani infecting proso millet (Panicum miliaceum L.): genomic perspective on ruthless virulence and adaptive evolution frontiersin.org/articles/10.… #FrontiersIn #Microbiology

🦠🧬 Need new virus sequencing protocols in the new year? Updated #PrimalScheme #Pathogenomics #OneHealth

Happy to work with these fantastic collaborators for bacterial #pathogenomics @nanopore

I am very Happy to share my second Ph.D full length article on “First report of Sarocladium kiliense causing stalk rot in maize in India” published in the journal of "Physiological and Molecular Plant Pathology"(IF-2.8, NAAS- 8.8). Congratulations to Pathogenomics Lab team

And now it’s the 2024 RKS Wood Award Lecture at #PPATH24 with a masterclass by Diane Saunders @Saunders_Lab Diane pioneered field pathogenomics to rapidly determine the identity of emerging plant pathogens

Manitoba's very own Dr. @mccallum_brent (@AAFC_Canada) presented orthogonal approaches (virulence surveys, plant pathogenomics and resistance gene engineering) as an effective roadmap to safeguard against a changing wheat rust population in Canada. #PlantCanada2024 @phytopathca

Tomasz Jagielski with members of the Integrated Mycobacterial Pathogenomics Unit at the Institut Pasteur, Paris (May 2025). A great scientific adventure with great people in the City of Light, in a place where the spirit of Louis Pasteur is as present as ever.

Here is my #FungalGRC02 talk. Early days of plant pathogenomics. Well, cDNA sequencing, really... "From Sequence to Phenotype: Functional Genomics of the Oomycete Phytophthora" #memory lane doi.org/10.5281/zenodo.12167…

Mireia Coscolla and Marta Caballer from PathoGenOmics Lab @i2sysbio attending #ESM24 to present results form the project MOL_HOST_TB

PathoGenOmics Lab transitioned from University of Valencia to CSIC, so now we are @Patho_Gen_Omics instead of @gen_uv