25 Jul 2018
We uploaded the protocol of random displacement amplification sequencing (RamDA-seq), the first full-length total RNA-sequencing method for single cells. bit.riken.jp/protocols/ramda… #ramdaseq #singlecell #RNASeq
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1 Jul 2018
機械に全部やってもらおう！！！
一昨日ぐらいに話題になったやつだね直接RNAよむやつ
RamDAseq？みたいにポリAないとこ？も読む技も出てきてるし今後トランスくリプトームは情報量がさらにどんどん増えていくとおもわれ
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23 May 2018
RamDAseqをジャーナルクラブで紹介したんだけど、RT-RanDAの機構などきちんと理解できていなくて申し訳ないながら、やはりあの多段階スプライシング(recvrsive splicing)が可視化されているfig.4のところはすごく感動するので、説明できてよかった。
nature.com/articles/s41467-0…
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10 Mar 2018
RamDAseqに続く二階堂研の会心作Quartz-Seq2。qualityそのままにここまでコストが下がると量から質への転換が起きてこれまでとは全く世界が見えてくるはず！ワクワクする技術です。
10 Mar 2018
ハイスループット型1細胞RNA-seq法
Quartz-Seq2 の論文が pubilsh されました。この方法は、低コストに、かつ、高精度に数千から数万の1細胞RNA-seqを実施できる方法です。genomebiology.biomedcentral.…
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6 Mar 2018
Press Release: Researchers successfully sequence total RNA of single cells riken.jp/en/pr/press/2018/20… #singlecell #RNASeq #RamDAseq
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16 Feb 2018
RT-RamDA is a reaction component of RamDA-seq. We prepared a paper of a detail of RT-RamDA. In the ms, we describe a mechanism of RT-RamDA with various experiments. Anyway, we will upload the ms to bioRxiv for reproducibility of RamDA-seq ASPS. #SingleCell #RNASeq #RamDAseq
12 Feb 2018
これ実は結構ncRNA研究者にとってはツボで、多くの機能性lncRNAはnon-poly-A RNAです。Neat1しかり。Malat1しかり。実はXistもnon-poly-A型が半分ぐらいを占めます。#RamDAseq
12 Feb 2018
（ポリA型RNAのように）多くの非ポリA型RNAが細胞ごとにダイナミックに発現変動するかは、既存手法ではわかりませんでした。そこで、マウスES細胞から原始内胚葉細胞への分化誘導系から時系列サンプリングされたRamDA-seqデータを用いて、ポリA型・非ポリA型の発現変動解析をおこないました
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12 Feb 2018
Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs. #RamDAseq nature.com/articles/s41467-0…
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