ProSiteHunter: A Unified Framework for Sequence-Based Prediction of Protein-Nucleic Acid and Protein-Protein Binding Sites
1. ProSiteHunter is presented as a unified, sequence-only framework that predicts residue-level binding sites across four interaction types: protein-DNA, protein-RNA, protein-protein, and antibody-antigen, aiming to replace the usual “one model per interface type” fragmentation in sequence-based predictors.
2. The core idea is multi-source sequence representation: it combines (i) a task-specific fine-tuned protein language model SiteT5 for evolutionary/functional-site signals, (ii) ProstT5 embeddings for structure-related priors, plus (iii) geometric descriptors derived from sequence-predicted properties (secondary structure, relative solvent accessibility, symmetric position encoding), and (iv) statistical descriptors (BLOSUM62, physicochemical properties, amino-acid propensity).
3. A key architectural contribution is the Multi-Source Feature Fusion (MSFF) module with “three-track semantic parsing”: Scale-Aware Encoder (multi-kernel 1D CNNs for local patterns), Context-Aware Encoder (BiLSTM for bidirectional semantics), and Importance-Aware Encoder (gated self-attention for long-range dependencies). These tracks are mapped into Q/K/V and fused via cross-attention for dynamic alignment across feature spaces.
4. A second stage, Multi-Level Interaction Learning (MIL), stacks gated multi-head self-attention blocks plus position-wise feed-forward networks to iteratively refine interface signals, producing per-residue binding probabilities (thresholded at 0.5 for site calls).
5. SiteT5 is introduced as a task-adapted PLM derived from ProtT5-XL-UniRef50, fine-tuned with evolutionary information from sub-MSAs (generated with HHblits on UniRef30). Fine-tuning uses LoRA and updates only the last four decoder layers, yielding a relatively small number of trainable parameters while specializing to binding-site patterns.
6. On GraphBind-style temporal splits for nucleic-acid interfaces, ProSiteHunter reports strong gains over prior sequence methods (e.g., CLAPE variants, iDRNA-ITF, DRNApred), emphasizing PRAUC improvements under heavy class imbalance (site:non-site ≈ 1:10), alongside higher ROCAUC/F1/MCC.
7. On protein-protein binding sites (Seq-InSite dataset) and antibody-antigen epitopes (SEMA conformational epitope dataset), the same unified design remains competitive, reporting improvements over methods such as Seq-InSite/ISPRED-SEQ for PPI and CALIBER for antibody-antigen, with particularly notable PRAUC gains on the epitope task.
8. The paper positions ProSiteHunter as complementary to structure predictors: it highlights cases where structure-based approaches (including AlphaFold3) can mis-localize interfaces when structures are imperfect or when binding involves flexible regions, while sequence-driven predictions remain stable and can flag “local flexible sites.”
9. Ablations support the design rationale: removing SiteT5 or ProstT5 embeddings causes the largest drops (SiteT5 removal being most damaging), while removing geometric/statistical features yields smaller but consistent degradations; removing MSFF or MIL leads to substantial performance loss, with MSFF identified as the larger contributor.
10. A downstream demonstration integrates ProSiteHunter-predicted epitopes into an in-house antibody-antigen interaction predictor (Multi-sAAI), reporting improved interaction classification metrics (ROCAUC/F1/precision/recall) and case studies where predicted epitope features sharply increase predicted interaction probabilities for known therapeutic or broadly neutralizing antibody scenarios.
📜Paper: doi.org/10.1002/advs.75931
#ComputationalBiology #Bioinformatics #ProteinScience #ProteinLanguageModels #DeepLearning #ProteinInteractions #EpitopePrediction #PPI #ProteinDNA #ProteinRNA #AntibodyEngineering #DrugDiscovery
4
21
1,904
May 28
Maris Capital PF 6/2026
New:
$NOW (100)
$ONON (37)
$AVAV (162)
$VEEV (160)
Navýšení
$META (10%)
$MELI (10%)
Redukce:
$ADBE (30%)
$MSFF (20%)
$DUOL (10%)
Semi je super, ty růsty od dubna jsou naprostý masakr😲👏.
Mě osobně už nedává smysl jej držet po aktuálních růstech long term (3roky ).
$AMD, $ASML už ani nesleduji.
Hledal jsem něco, co by se mi za aktuální ceny líbilo a jediné, na co jsem narazil, tak bylo $CLSK … na 12,7 jsem nakonec ten buy nestisknul. Pořád nevím, co s tím $CRWV. Možná přeci jen ještě jednou zkusím. Kdo ví.
Myslím si, že do topu etf $SMH (semiconductor) ještě 30% nebude asi problém.
Ale mám s parabolickými růsty historicky velice špatné zkušenosti (sám jsem několikrát rychle nabyl / rychle pozbyl, i když teda převážně v kryptu) a už se toho odmítám účastnit.
Na semi je priced in konec 2028, tak dlouhý horizont bez margin of safety u svých akcií neakceptuji a sázet na zrychlení capexů se mi nechce. Odrazuje mě tohle od GS (v příloze).
Radši budu outsider a vám všem přát ty raketový růsty😄.
No hard feelings🤟. Vždyť mě znáte. Ode mě se ublížených keců o bubble nedočkáte, přestože mi PF defacto skoro stojí 1/2 roku na místě✌️.
May 10
Maris Capital PF 5/2026
Po delší době se u toho i vykecám, když už je defacto earnings sezóna za mnou✌️.
Exit
$AMD byl to pěkný 500% run za rok, aktuálně je priced in Q1/2028, to ovšem neznamená, že nemůže trh do 3-4 měsíců “naprajsovat” i Q1/2029 (600$).
Porušuji vědomě jedno ze svých pravidel: nikdy neprodávat do neporušeného up-trendu. Jsem v tomhle prostě nepoučitelný retard (viz jen z posledního roku $GOOGL, $NBIS).
Zpětně je to celkem legrace, s klesající cenou od mého prvního vstupu na 136 v 10/2024 jsem si před rokem pravidelně opakovaně vyslechl, proč nekoupím $NVDA, že inference nikoho nezajímá, je to advance money destroyer a možná bude na zvážení za 50$😆.
Buy
$ERO čistě “napákovaná” sázka na měď, jakožto klíčovou to surovinu pro AI datacentra. Až potvrdí momentum, na těch 5% to ještě zvednu. Btw strašně se mi líbí týdenní/měsíční graf $COPPER.
Navýšení
$META, $MELI a $ADBE
Zde velké ale: ač nevidím racionální důvod, aby se $META neobchodovala za 750, momentum na týdenním grafu je fakt hnusný jako prase, tohle má společné s $MELI. Obě tyto akcie vypadají na 15-20% drop během Q2-Q3.
Říkám tomu nově Bill Ackman efekt.
Cokoliv, co ten ichtyl koupí a pak promuje, že je to levné, to se vy*ere v následujícím 1/2 roce klidně i o 30% ($NFLX, $NKE).
Když už jsem nakousnul $NFLX, graf je taky pěkně hnusný. Vypadá jak kdyby měl jít pod 60🫡.
V $MELI prý šel long Burry. Panebože. Takže další pozice, kde se překrýváme ($ADBE).
$ADBE chytá na daily momentum stejně jako celý software (viz etf $IGV), před earnings opět provedu 25% de-risk. Nechci ho mít nad 9% dokud neuvidím jasné známky disbelief rally.
Ono když to vezmu kolem a kolem. Kromě AI nic pořádně za ten měsíc nevyrostlo a celou party si primárně uzmuly semi stocky a neocloud (výjimkou nebyl růst i o 70-100%) , zbytek táhnula nahoru software infrastruktura a healthcare.
1) Kdo nemá v PF semi stocky a AI akcie, myslím si, že není problém být ytd i -20%.
2) Kdo je naložený v semi, je klidně ytd 50%
3) Kdo je v něm napákovaný, ten obíhá vítězné kolečko a sepisuje svoje paměti pro budoucí generace investorů, která nepůjde použít v příštím cyklu v praxi.
Z ALL IN na 12% cash🫡.
Přemýšlím, že bych zas nabral zpět $VEEV, který jsem vysypal minulý rok v květnu po tom dildu na 290 (rovnou okolo těch cca 160 na 5%). Trošku mi vadí, že je i zde Burry … red flag. Prý má dojít k listingu do $SPX. Zda je to short term bull nebo bear neumím zatím vyhodnotit.
No uvidíme, jaké příležitosti nabídne ještě pan neurotický trh v následujících týdech🤷♂️.
10
32
6,595
May 21
Kapanlagi Korea
Lee Min Ho
「第22回 Mise-en-scene Short Film Festival」の名誉審査員に正式任命
韓国映画界から嬉しいニュースが届きました。
韓国の人気俳優 Lee Min Ho が、第22回「Mise-en-scene Short Film Festival（MSFF）」の名誉審査員に正式に任命されました。
🔗kapanlagi.com/korea/lee-min-…
#イミンホ
#LeeMinHo
#이민호
May 21
Lee Min Ho Resmi Ditunjuk Jadi Juri Kehormatan di Mise-en-scene Short Film Festival ke-22: Aktor papan atas Lee Min Ho ditunjuk jadi juri kehormatan di Mise-en-scene Short Film Festival ke-22. Selengkapnya cek di sini KLovers. #LeeMinHo #AktorLeeMinHo… dlvr.it/TSfKR1
4
29
539
По данным его агентства, MYM
Развлечения, 20-го числа Ли Мин-хо примет участие в качестве почетного судьи в разделе «No Mercy» на 22-м MSFF, который открывается 18 июня, и будет судить короткометражные фильмы.
mk.co.kr/en/hot-issues/12052…
2
55
May 19
Wiki: The Mise-en-scène Short Film Festival (MSFF) is a Korean short film festival, intended to support upcoming young filmmakers. Since its launch in 2002, it is held every June in Seoul.
Congrats @ActorLeeMinHo 😍
May 19
[#LEEMINHO]
제22회 미쟝센단편영화제 명예 심사위원에
이민호 배우가 참여하게 되었습니다.🎬🏆
오랜 시간 대중들의 사랑을 받아온
이민호 배우는 '인정사정 볼 것 없다' 섹션의
명예 심사위원으로 위촉되었는데요.
로맨스부터 액션까지 장르를 가리지 않고
연기 스펙트럼을 확장해 온 이민호 배우는 이번 심사에
한 층 더 강렬한 에너지를 더하게 될 예정입니다.✨
Lee Minho has joined the 22nd Mise-en-scène
Short Film Festival as an honorary juror. 🎬🏆
Beloved by audiences for many years,
Lee Minho has been appointed as an
honorary juror for the “Nowhere To Hide”
section of the festival.
Having continuously expanded his acting spectrum across genres ranging from romance to action,
Lee Minho is expected to bring even more powerful energy to this year’s judging panel.✨
#이민호 #MINOZ #미쟝센단편영화제 #MYMENTERTAINMENT
3
12
425
May 19
The Mise-en-scène Short Film Festival (MSFF) is one of the most prestigious short film festivals in Korea. It is intended to support upcoming young filmmakers. Since its launch in 2002, it has been held every June in Seoul, South Korea.
1
2
159
