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Qfunction@Stat & Bioinfo @StudyQC
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犬釘@ainukugi
Jun 13
「階層都市断片集」が2026年6月26日から連載開始です 少女終末旅行 と シメジシミュレーション に続く つくみず さんの新作です 少女終末旅行 の前日譚ですね kuragebunch.com/info/entry/s…
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スマートグラスで勉強に関係あるもの以外はモヤをかけたり色をなくして、逆に勉強系の物はコントラストを高めて目に入るようにすればゾーン状態を再現出来て集中力高まりそう。くそ集中しててブチギレてる瞬間をお手軽にさいげんしたい
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メタ解析で名寄せと前処理をそろえるという無意味な作業がclaude codeのおかげでマジで爆速で進んでてありがてえ。数年前は手作業でやってたから時間かかりまくるせいで５個くらいの統合がやっとだった。 一番悲しいのは、最終的に出来ましたって結果だけ見せるから解析としては何も進んでないっていう
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PNASNews@PNASNews
Jun 12
Researchers built an ultrahigh-throughput affinity selection–mass spectrometry platform to identify human proteins that bind to environmental chemicals and found unreported interactions with some compounds that have replaced legacy PFAS. In PNAS: ow.ly/Z2vV50Zbiu9
Left: Chemical space of the 1,106 compounds clustered based on their molecular fingerprints and visualized using uniform manifold approximation and projection. Detected ligands are highlighted in different colors according to their target proteins, with chemical structures labeled on the plot. Right: Comparison of the top 10 compound categories in the 481-compound library and ligand categories showing protein interactions in the affinity selection–mass spectrometry screening.

ALT Left: Chemical space of the 1,106 compounds clustered based on their molecular fingerprints and visualized using uniform manifold approximation and projection. Detected ligands are highlighted in different colors according to their target proteins, with chemical structures labeled on the plot. Right: Comparison of the top 10 compound categories in the 481-compound library and ligand categories showing protein interactions in the affinity selection–mass spectrometry screening.
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うん、研究するうえで医学科クソ過ぎるな。 研究室配属の仕組みがないから、配属されてて指導教員がいる前提のやつに申しこめへん。
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Yichuan Wang
@YichuanM
Jun 10
The web was never meant to be flattened into text. Yet most web RAG systems start by parsing HTML --- a complex and lossy process. 🔥 Introducing PixelRAG: the first RAG system that retrieves and reads 30M web pages as pixels. Instead of extracting text, PixelRAG retrieves screenshots and lets a VLM read them directly. PixelRAG not only preserves visual information, but also outperforms text-based RAG on text-only QA benchmarks by 18.1%. Why? (1) HTML-to-text conversion often discards layout, structure, tables, and other useful signals. (2) We continued pretraining a VLM on web page screenshots and turned it into a surprisingly strong visual retriever. (3) Recent VLMs are remarkably good at understanding web pages, often with better accuracy and token efficiency than text-only pipelines. Takeaway: HTML parsing may be one of the biggest self-inflicted bottlenecks in web RAG. Demo below 👇 Code: github.com/StarTrail-org/Pix… Paper: github.com/StarTrail-org/Pix… Playground: pixelrag.ai/
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今泉（JKJ）がこちらの研究集会で講演を行います。 sites.google.com/view/worksh…

生成科学研究会2026

開催趣旨 　近年の生成AIの急速な発展は、科学研究の進め方に新たな可能性をもたらしています。生成AIはデータから潜在的な構造や規則性を抽出し、それをもとに新たな表現や仮説を生成する能力を示しつつあり、理論構築に対しても影響を与え始めています。 このような状況のもとで、生成AIが科学にどのような変化をもたらすのかについては、いまだ明確な見通しは得られていません。生成AIの発展により、科学者の役...

sites.google.com
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jupyter notebook君、重いコードを走らせてしまってkill kernelしてもフリーズしたままになってクラッシュするのやめない？
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link.springer.com/article/10… これは面白かった。 学習塾の第二次ブームは１９７０年で学生運動に傾倒した結果で無職になった人たちが公教育的に対するカウンターカルチャー的な性格も相まって塾の設立につながったっていう。合格数だけがKGIなのに教育改革に対してなぜか野心的な姿勢っていう指摘も確かに

Teaching in the shadow: operators of small shadow education institutions in Japan

Asia Pacific Education Review - The shadow education sector plays a centrally important role in the Japanese education system. Advocates of Japanese shadow education institutions, or juku, claim...

link.springer.com
Qfunction@Stat & Bioinfo@StudyQC
Jun 11
マジでビジネスと研究って直交してる。 ビジネス分析する時一応は論文調査からやるんだけど、産業側に対するアカデミックの切り口は漠然としたものが多すぎて余り役に立たない。特に経営層側の視点に関するものがマジでない
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マジでビジネスと研究って直交してる。 ビジネス分析する時一応は論文調査からやるんだけど、産業側に対するアカデミックの切り口は漠然としたものが多すぎて余り役に立たない。特に経営層側の視点に関するものがマジでない
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chatGPTとかLLMを使った検索、信頼性の分散が大きい状況で重みづけしながら情報を集めてくるってタスクが苦手な感じがある。「論文を全部拾ってこい」みたいな絶対的に信頼できる情報源がある場合は(それでも出力は当てにしないけど)ある程度できるけど。
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Cell Genomics@CellGenomics
Jun 11
Regulatory network topology and the genetic architecture of gene expression dlvr.it/TSzyYr

Regulatory network topology and the genetic architecture of gene expression

Aguirre et al. describe a model of gene regulatory networks and show how their properties shape the distribution of genetic effects on gene expression. Their results imply constraints on real network...

cell.com
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mat@ballforest
Jun 8
ようやく面白さが少しずつ分かってきた / IBIS2022チュートリアル 統計的学習理論入門 speakerdeck.com/kmiyag/ibis2…

IBIS2022チュートリアル 統計的学習理論入門

speakerdeck.com
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ShorterLab@ShorterLab
Jun 8
Opposing roles of serine and charge in IDR condensate miscibility: nature.com/articles/s41589-0…

Opposing roles of serine and charge in IDR condensate miscibility

Nature Chemical Biology - Pei, Wang, Quan and Geng and colleagues reveal how amino acid composition within intrinsically disordered regions influences the miscibility of biomolecular condensates...

nature.com
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俺が頭の中だけでぽんやり考えている時間が一番無駄だから、読み取ってchatGPTがしじしてくれる脳デバイスがマジでほしい。LLMが俺からコンテクストを聞き出すところが任意の仕事のボトルネック
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メランコリーちゃん(論文)@ArticleKls
Jun 7
The powerful law of the power law and other myths in network biology doi.org/10.1039/B908681A Scale-free networks are rare nature.com/articles/s41467-0… Rare and everywhere: Perspectives on scale-free networks nature.com/articles/s41467-0…

The powerful law of the power law and other myths in network biology1

Topological properties such as the power law, small world and scale-freeness have been claimed as “universal laws” for biological and other complex network

academic.oup.com
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拡散MRIで計測した脳領域間の結合に k-regular graph を入れた脳のモデルを作ると、BOLD fMRIによる脳活動データを高精度に説明できて、そのモデルのグラフスペクトルに”バンドギャップ”を持つことが量子的な特徴なので?脳機能もそれで説明できる ってこと？ biorxiv.org/content/10.1101/…

Quantum-like dynamics in the human brain

Emerging new research indicates evidence of quantum-like (QL) probability laws, including interference effects, in non-quantum physical systems using coupled oscillators. This can produce QL states...

biorxiv.org
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内部推薦でしか入れないポジションに唯一東大出身で来てる人のところか...
roggy@roggy_phd
Jun 4
卓越した結果、ポスドクが時給制になりました
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journals.aps.org/prxlife/abs… これいくつかの単純化の元２遺伝子GRNを反映したSDEを書いてwaddington landscapeをシミュレーションしたってことかな？

Incorporating Stochastic Gene Expression, Signaling-Mediated Cell-Cell Interactions, and Regulated...

This mathematical framework shows how intracellular gene expression transmitted through a chemically communicating and dividing cell population controls tissue development.

journals.aps.org
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佐藤健太郎@KentaroSato
Jun 4
π-πスタッキングというが「実際には π 電子の特別な相互作用はほとんど存在せず」。「分子間相互作用をEDDIE と総称することを提案」とのこと。定着するでしょうか。
Chem-Station
@chemstation
Jun 4
「π-πスタッキング」という言葉が生む誤解【芳香環の相互作用を見直す: 前編】 | Chem-Station (ケムステ) buff.ly/7ViC9Gq
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