Determining key residues of engineered scFv antibody variants with improved MMP-9 binding using deep sequencing and machine learning • This study unveils a breakthrough in targeting matrix metalloproteinase-9 (MMP-9) using engineered single-chain antibody fragments (scFvs). By integrating yeast surface display and next-generation sequencing (NGS), the researchers identify scFv variants with enhanced binding affinity for MMP-9. • A pivotal innovation is the use of protein language models and machine learning, such as LSTM and Shapley Additive exPlanations (SHAP), to predict and interpret binding affinities. This allows pinpointing critical residues within the complementarity-determining region H3 (CDR-H3) of scFvs. • Findings highlight the role of polar residues like tyrosine and serine in enhancing binding and structural compatibility with MMP-9’s active site. Moreover, the length of CDR-H3—specifically 11 amino acids—is identified as optimal for high-affinity interactions. • AlphaFold-2 Multimer is employed to model interactions between scFvs and MMP-9, revealing electrostatic complementarities between the positively charged scFv residues and the negatively charged MMP-9 active site. • These insights provide a robust framework for designing more selective and potent inhibitors for MMP-9, with implications for therapeutic strategies targeting cancer, neurodegenerative, and gynecological diseases. • The study also addresses the broader applicability of its methods, demonstrating how combining deep sequencing and AI models can streamline antibody engineering efforts across other targets. @sarmazdehlab 💻Code: github.com/Iftikhar2/Enginee… 📜Paper: doi.org/10.1016/j.csbj.2024.… #MachineLearning #AntibodyEngineering #MMP9 #ProteinDesign #DeepSequencing

#DeepSequencing identified unique and shared genetic variations in #ASFV from experimentally infected #pigs, highlighting the importance for understanding ASFV #evolution and its impact on disease severity. 👤EVBC member: Camille Melissa Johnston doi.org/10.3390/pathogens130…

Heel veel te doen om de 'vervuiling' in de mRNA injecties. Waar gaat dit eigenlijk over? Door deepsequencing hebben verschillende onderzoeksgroepen plasmide DNA gevonden in de mRNA injecties. Waarom is dat zo'n groot probleem? Ten eerste hebben de fabrikanten het tot nu toe ontkent. Tot nu toe want een paar dagen geleden heeft Health Canada het toegegeven. Daarmee staat vast dat het er in zit. Onze eigen onderzoeksgroep heeft dit in navolging van @Kevin_McKernan ook aangetoond in de monovalente injectie van Pfizer (Kevin gebruikte een bivalente voor zijn analyse) Er zijn nu meerdere verificaties van deze resultaten, we mogen aannemen dat het in vrijwel alle mRNA prikken zit. Dit komt door de methode van fabricage van het mRNA. nytimes.com/interactive/2021… Dat wordt trots uitgelegd in dit artikel. Het komt er op neer dat de E coli bacterie genetisch is gemodificeerd waarbij het gen voor het spike eiwit van het SARSCOV2 virus is ingebouwd in de plasmide van de bacterie. Daarnaast zijn er ook andere genen extra ingebouwd waaronder een promoter regio van het Simian Virus 40. Dit gen is waarschijnlijk om meer kopieen te creeren van de mRNA spike sequentie. Het probleem hiervan is dat SV40 ook wordt geassocieerd met kanker. Omdat het gevonden DNA in veel gevallen nog intact is kan het veel makkelijker integreren in het menselijk genoom dan mRNA (daar is reverse transcription voor nodig) Daarmee kunnen naast het spike gen, waarmee je dus in theorie de rest van je leven het spike protein aanmaakt, met alle auto-immuun of immuunsupressie problemen die daarmee gepaard gaan. Kan het ook zo zijn dat zo'n promoter regio van het SV40 virus integreerd met als mogelijk gevolg turbo kanker.... Daarnaast is er nog een ander potentieel probleem. E. coli komt van nature voor in onze darmen. Het lijkt er op dat er ook antibiotica resistentie gene zijn ingebouwd bij de gemodificeerde bacterie fabriekjes. Handig zodat je dmv antibioticum de juiste bacterien kan laten overleven en daarmee je productie proces straker controleerd, maar... Als dit DNA in contact komt met ons eigen microbioom, dan zou dat potentieel voor antibiotica resitentie bacterie stammen kunnen leiden, met alle gevolgend van dien. Daarnaast scheiden we die bacterien ook weer uit dus onze omgeving krijgt er ook mee te maken, bv water zuiverings installaties en derglijke. Nu zijn dit veel alsen en maren, het probleem is echter dat er heel veel mensen zijn geinjecteerd en dat er nog steeds spuitjes worden gegeven, dus bij een paar individuen zullen de onwaarschijnlijke mogelijkheden toch optreden. Welke gevolgen dit zal hebben is niet te overzien, wellicht doet het vrijwel niks, maar dat dit het totale falen van de EMA en FDA en dergelijke instanties is, is duidelijk. Was er direct geluisterd en volgens de procedures die er zijn voor GMO's en gentherapie zijn, dan wisten we nu veel meer over de effecten van dit genetische experiment op wereldschaal. In meerdere landen zijn juridische procedures gestart of zijn in voorbereiding. In de VS, Canada, Nederland, Italie, Japan en Australie, wellicht zijn er nog meer, maar met deze groepen is contact, we zullen jullie op de hoogte houden en zoveel mogelijk informatie delen.

Ons laboratorium team ontdekte dit al in 2021, we wisten niet goed wat het betekende totdat begin dit jaar @Kevin_McKernan uitlegde hoe we de deepsequencing moesten interpreteren. Hij had namelijk bij de multivalente injjecties promoter regionen van SV40 gevonden. Door onze data daar naast te leggen konden we zijn conclusie bevestigen. Het zit dus al vanaf het begin in de injecties

'How Genome Sequences tracked down an Ancient Disease' #BlackDeath :Well explained #diseases #Epidemic #pandemic #bacteria #Fungus #yersiniapestis #medicine #vaccine #Genomics #GenomeSequencing #DeepSequencing #Health #healthcare #UPSC2023 #UPSC2024 #UPSC Source: TH

📌#ncRNA #biomedicalliteraturemining #deepsequencing #omics New Publication “Literature Mining of Disease Associated Noncoding RNA in the Omics Era” By: Jian Fan, et al. 👉mdpi.com/1420-3049/27/15/471… #mdpimolecules #NewPublication

Deciphering the Role of Phosphoglycerate Kinase 1 in Polycystic Ovarian Syndrome using Differential Gene Expression Analysis Approach @AmityUni bit.ly/43wdYys #Deepsequencing #Geneontology #Glycolysis #Metabolic #Transcriptomic #biomedical #pharmacology @Sengupta_PhD

Our 3rd anniversary celebration continues! Join us for an enlightening day of scientific sessions & a keynote presentation as part of a collaboration between @UCSF_ci2 & @UniFAU. RSVP by March 17 for the March 29 event. #AI #Imaging #DeepSequencing bit.ly/3EQpGt0

Vraag me af of je uberhaupt varianten uit riool water kunt halen? Template materiaal relatief laag, zeker voor minority varianten. Preamplificatie nodig dus sowieso bias in deepsequencing results? @MarionKoopmans, doen jullie dat al?

@KateGrabowski shows a further example that uses HIV #deepsequencing to understand gender & migration in transmission. #GCAM22. Read more about the example here thelancet.com/journals/lanhi…

Oliver Ratmann @imperialcollege has shown us how #HIV #deepsequencing phylogenomics by @HivPangea throws light on drivers in the larger female side of the African HIV pandemic, identify risk factors and model interventions

Mito-SiPE: A sequence-independent, PCR-free mitochondrial DNA enrichment method for ultra-deep sequencing that minimises amplification and alignment artefacts for the analysis of mitochondrial heteroplasmy/variation. #mtDNAenrichment #DeepSequencing biorxiv.org/content/10.1101/…

Deep sequencing of short capped RNAs reveals novel families of noncoding RNAs. #ncRNAs #ShortCappedRNAs #DeepSequencing @carninci @genomeresearch genome.cshlp.org/content/ear…

Online now in @STARProtocols: Dr. Timothy A. Whitehead @CUBoulder using #yeast screening and #DeepSequencing to identify #SARS_CoV_2 spike (S) protein escape mutations for anti-S monoclonal antibodies: hubs.li/Q011Lq1h0

Check out this #protocol from Dr. Timothy A. Whitehead @CUBoulder using #yeast screening and #DeepSequencing to identify #SARS_CoV_2 spike (S) protein escape mutations for anti-S monoclonal antibodies: star-protocols.cell.com/prot… Research in @CellReports

Though #isomiRs are commonly reported in #deepsequencing experiments, their detailed structure complexity and specific #differentialexpression remain not fully examined by the majority of the available analysis tools. - #microrna - #UniversityofPlovdiv rna-seqblog.com/mirgalaxy-ga…

Repair-Seq Combines #CRISPR Screen and #DeepSequencing to Detail DSB Repair Mechanisms Repair-seq allows researchers to parse the contributions of different pathways to repair specific DNA lesions...Learn more: ow.ly/UNKk50GvrFs

#CRISPR Screen and #DeepSequencing Map DNA Repair Landscape Boosting #GenomeEditing Prospects. Learn more: ow.ly/6sox50GvkP4

Repair-Seq Combines #CRISPR Screen and #DeepSequencing to Detail DSB Repair Mechanisms Repair-seq allows researchers to parse the contributions of different pathways to repair specific DNA lesions...Learn more: ow.ly/UNKk50GvrFs

#CRISPR Screen and #DeepSequencing Map DNA Repair Landscape Boosting #GenomeEditing Prospects. Learn more: ow.ly/6sox50GvkP4